Ernst Badstübner (* 1931 in Stettin) ist ein deutscher Bau- und Kunsthistoriker sowie Sachbuchautor.

Nach dem Studium der Archäologie und Kunstgeschichte an der Berliner Humboldt-Universität arbeitete Badstübner an der von Richard Hamann 1953 gegründeten und später von Edgar Lehmann geleiteten Arbeitsstelle für Kunstgeschichte der Akademie der Wissenschaften in Berlin. Dort promovierte er 1961. Nach der Auflösung des Akademie-Institutes kam Badstübner 1971 mit Lehmann an die Zentrale Forschungsabteilung des Institutes für Denkmalpflege beim DDR-Ministerium für Kultur. 1988 habilitierte er.

Nach der Abwicklung des Institutes für Denkmalpflege wurde Badstübner von der Wartburg-Stiftung als Burghauptmann der Wartburg berufen. 1994 wurde ihm der Lehrstuhl für Kunstgeschichte des Mittelalters am Caspar-David-Friedrich-Institut der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald übertragen, den er bis zu seiner Emeritierung innehatte.

Ernst Badstübner publizierte vorrangig zur mittelalterlichen Architektur des nördlichen Mitteleuropas, insbesondere zu Sakralbauten in Thüringen und der Mark Brandenburg. Er ist Ehrenvorsitzender der Wartburg-Gesellschaft zur Erforschung von Burgen und Schlössern.